常見問題及解答

1.如何測定引物的OD值？
用紫外分光光度計在260nm波長測定溶液的吸光度來定量，請注意紫外分光光度計的使用，測定時溶液的吸光度稀釋到0.2-0.8之間（吸光度太高或太低會有較大的誤差）。DNA干粉用一定體積的水充分振蕩溶解以后，取部分溶液稀釋到1ml并在1ml標準比色皿中測定其吸光度，即為所測體積的OD值，進而可以計算出母液的OD值。
舉例：您拿到一管干粉的DNA，用1ml水溶解成母液，取該母液50μL稀釋成1ml并在1ml標準比色杯中測定的吸光度為0.25，說明該50μL中含有0.25OD的DNA，也即說明原來1ml母液中含有5OD的DNA。

2.怎樣溶解引物？
我們的的合成報告單給出了每OD引物稀釋為100μmoL/L（即100pmol/ul）濃度的加水量，您可以根椐您的實驗需要加入適量的無核酸酶的雙蒸水（PH>6.0）或TE緩沖液（PH 7.5-8.0），開啟瓶蓋溶解之前在3000-4000轉/分鐘 的轉速下離心1分鐘，防止開蓋時引物散失。

3.合成的引物應如何保存?
沒有溶解的引物非常穩定，可以在-20℃下保存至少1年，溶解好的引物可以事先稀釋為100μmoL/L的儲存液，分裝數份保存于-20℃冰箱，可以保存至少半年以上（反復多次凍融會降低使用壽命）。使用前，將濃溶液稀釋成工作液（10 pmol/ml或20 pmol/ml）后進行實驗。

4.如何檢測引物的純度？
實驗室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的一定濃度的聚丙烯酰胺凝膠進行電泳,<12個堿基的引物用20%的膠，12-60個堿基的引物用16%的膠，>60個堿基的引物用12%的膠，取0.2OD左右的引物，用尿素飽和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到飽和，上樣前加熱變性（95oC,2mins）。加入尿素的目的一是變性，二是增加樣品比重，容易加樣。600V電壓進行電泳，一定時間后（約2-3小時），剝膠，用熒光TLC板在紫外燈下檢測帶型，在主帶之下沒有雜帶，說明純度是好的（有時由于變性不充分，主帶之上可能會有條帶，乃是引物二級結構條帶）。

5.一般的合成的引物在5'和3'末端有磷酸基團嗎?
沒有，5'和3'末端均為-OH基。如需要加磷酸基團，訂貨時請特別注明，此時需收取磷酸化的費用。

6.合成的引物進行PCR反應時無目的帶，怎么辦?
PCR反應失敗的原因很多，可以從以下幾個方面考慮。
1） 引物和模板是否配對，同源性有多大?
2） 引物本身是否有立體結構.
3） PCR反應用試劑是否能正常工作?
4） PCR儀是否工作正常?
5） PCR反應條件是否合適?
如果一切正常，還無法解決問題時，我們可以免費重新合成引物。

7.測定了引物的OD值后發現A260/A280<1.8，引物的純度合格嗎?
由于核酸在260nm附近有強吸收，而蛋白質在280nm附近有強吸收，從生物體內提取核酸時，常用A260/A280比值來評價核酸純度（比值在1.8～2.0之間），這一判斷是基于序列中A、G、C、T所占比例大致相同時的結果。而合成的DNA/RNA則不同，序列很短 （通常在20～30個堿基之間），其中A、G、C、T各種堿基所占比例很不相同，由于各種堿基的摩爾消光系數不同，因此不同堿基構成的引物的A260/A280比值也不同， 例如當序列中C、T堿基的含量高時，該比值會大大低于1.8。所以不能用A260/A280的比值來判斷引物的純度.

8.上海生工公司可以合成多長的序列？
由于用戶和基因拼接的要求，我們很好地合成過不少100堿基左右長度的長片段。因為我們可以提高起始合成數量、加大合成用的試劑量、用PAGE純化。如果您的實驗需要，我們愿意接受110堿基以下的訂單。

9.PCR產物經過克隆以后測序發現引物區與合成序列不相符合，怎么辦？
我們認為這多數是PCR過程和克隆過程中引入的錯誤。遇到這種情況，請您：
1） 可以要求我們重新免費合成引物。
2） 重新挑取克隆測序，會有找到正確克隆的可能.

10.如何將兩條互補的單鏈退火形成雙鏈？
用退火緩沖液（10mM Tris, pH 7.5 - 8.0, 50mM NaCl, 1mM EDTA）溶解引物, 將要退火的引物等摩爾數混合，總體積不要超過500微升，加熱到95℃ 2mins，然后緩慢冷卻至室溫（低于30度）即可。退火的產物可以放在4度待用。

11.使用3%的Agarose凝膠電泳分析合成的引物，發現有很多條泳帶，為什么?
對引物進行電泳一定要使用變性PAGE電泳。由于引物是單鏈DNA，容易形成復雜的立體結構，因此進行Agarose電泳時，容易出現多條泳帶，更無法用Agarose電泳進行定量了。

12.能否根據引物電泳后EB染色后條帶的亮度對合成的引物進行定量?
不能。因為EB是通過嵌入到核酸的雙螺旋間而使其著色的。合成的DNA分子為單鏈，只有通過自身回折形成局部發夾環結構或鏈間形成部分雙螺旋結構，才能被EB染色。由于不同引物的序列不同，形成雙螺旋的能力不同，因此染色能力不盡相同，也就不能根據EB染色帶的亮度來對合成的DNA進行定量。

13.2OD的引物可以多少做次PCR反應？
一般來講，20個堿基左右的2OD的引物zui少可以做400次PCR反應。

14. DNA合成粗產物中含有什么雜質？
DNA合成儀合成的粗產物，其中除了含有所需的目的DNA片段以外，還含有合成反應過程中產生的目的片段短的失敗片段以及脫保護基團產生的銨鹽，本公司提供的引物已全部通過純化去除短片段、通過脫鹽去除鹽分。

15.引物在常溫下運輸，會降解嗎？
不會降解，干燥的引物在常溫至少可以穩定存放二周以上。而一般的運輸時間通常都在1-3天，所以您收到的引物不會降解。

16.為何長鏈引物的收費要比短鏈引物要高？
通常在合成長鏈引物時，試劑的加入量要比短鏈引物要多很多，尤其是大于90bp的堿基以上的引物，由于成本的增加，從而導致價格也要高一些。
 
 
    
  PCR產物DNA測序錯誤的原因
　 一、Taq酶原因

本公司現為世界上zui大的合成DNA專業公司之一,每天為世界各地用戶合成約2100條引物。在這些大量的引物中大多用于PCR擴增,約有萬分之五左右的在DNA測序后,發現在引物部分有錯誤,錯誤大部分表現為丟失。許多用戶認為這種錯誤是我們公司合成錯誤造成的。 實際上這種錯誤是由于Taq酶固有的錯誤概率造成的,與合成無關。請看如下示意圖:

從圖可以清楚的看出，引物部分也被Taq擴增，既然引物也被擴增，那么錯誤就可能發生。 那么化學合成DNA會不會發生錯誤呢? 回答是否定的。 錯誤無非有兩種:一是堿基被置換；二是堿基丟失。本公司的80多臺DNA合成儀全部為ABI公司產品，ABI的DNA合成儀是世界上zui可靠的，至今尚未聽說過ABI的DNA合成儀在合成一個堿基時（例如A），卻錯誤地加上另一個堿基（G,C or T），丟失更不可能。因為DNA合成是在固相上進行的，每一個堿基的合成包含了脫保護基（DMT）、堿基的加成、蓋帽（Capping）、氧化等步驟。如果說某一個堿基由于種種原因（如瓶中溶液沒有了，或管道堵塞），未加入到正在延伸的Oligo上，那么下一個反應Capping將會把Oligo封死，使整個oligo合成立即中止。 可見，以上PCR產物測序時發生在引物部分的錯誤不是引物合成的失誤，而是Taq酶造成的。

二、化學原因

在合成過程中，如果本公司提供的DNA合成報告單是正確的，表示合成是成功的。人為因素造成堿基突變的可能性是*可以排除的。DNA合成專家Dr. Hecker和Dr. Rill對此作了一評論 （Error Analysis of Chemically Synthesized Polynucleotides Biotechniques，1998.Feb.24：256-60），認為化學合成的DNA片段要比天然的DNA片段有更多的堿基突變概率。但其真正的化學機理還不太清楚，但可以肯定的是要保證100％不發生錯誤是不可能的。zui近，Dr. Jacek Lubkowski 在《Nucleic Acids Research》（2002，Vol. 30, No. 10 e43） 上發表了一篇文章也證實了化學合成引物（非人為錯誤）會導致錯誤，而且引物鏈越長，錯誤概率越高。原文如下：while this method is simple in principle, in practice numerous complications can lead to errors in the synthesis. To reduce the possibility of errors during oligonucleotide synthesis, the oligonucleotides should be rather short, yet they must still be long enough to provide stable priming overlaps.

三、解決的辦法:
1.  建議用高保真的高溫聚合酶，如本公司推出的Super Pfu、Pfu 、Taq plus等，保真性比Taq酶高10倍左右，可有效的減少差錯。
2.  再挑選一個克隆進行DNA測序，一般來說再次出現錯誤的可能性就更小了。
3. 重新合成引物。
4. 將您有缺失堿基的克隆送到我們基因部，我們負責將缺失的堿基進行點突變，提供您所需要得正確序列。 但由于客戶的載體非常復雜和多變，我們承諾的是提供

 DNA損傷的來源
1.1 堿基脫落形成AP位點
熱和酸等都可使嘌呤和嘧啶從DNA鏈的核糖磷酸骨架上脫落，形成AP位點（Apurinic orApyrimidinic site ）。
烷化鳥嘌呤的糖苷鍵不穩定，容易脫落形成DNA上無堿基的位點。
1.2 堿基的改變
①物理因素
電離輻射可引起其它物質產生自由基，從而引起堿基氧化修飾、過氧化物的形成、堿基環的破壞和脫落等。
一般嘧啶比嘌呤更敏感。
②化學因素
a. 烷化劑
*、甲烷磺酸甲酯（MMS）等烷化劑可將烷基加到嘌呤或嘧啶的N或O上使堿基烷基化。
鳥嘌呤的N7和腺嘌呤的N3zui容易受攻擊，形成m7G和m3A烷基化的嘌呤堿基，導致復制時堿基錯配。
例如鳥嘌呤N7被烷化后會與T配對，結果會使G-C轉變成A-T。
b. 堿基類似物
5-溴尿嘧啶（5-BU）、5-氟尿嘧啶（5-FU）、2-氨基腺嘌呤（2-AP）等。它們的結構與堿基相似，進入細胞能替代正常的堿基參入到DNA鏈中而干擾DNA復制合成。
如5-BU與T結構相似，在酮式結構時與A配對；它更易成為烯醇式結構與G配對，在DNA復制時導致A-T轉換為G-C。
c. 黃曲霉素
黃曲霉素B、1,2-乙酰-氨基芴、苯并芘、吖啶等可插入堿基序列，引起移碼。
d. 硝酸鹽
亞硝酸鹽能使C脫氨變成U，經過復制就可使DNA上的G-C變成A-T對。
③堿基的自發改變和損傷
a. 堿基的異構互變
4種堿基各自的異構體間都可自發地互變（烯醇式與酮式間的互變），這會使堿基間發生錯配，使A-C、T-G等。
b. 堿基的脫氨基作用
堿基的環外NH2有時會自發脫落，使C→U、A→次黃嘌呤（I）、G→黃嘌呤（X）等，DNA復制時，U-A、I-X、I-C配對，導致子代DNA序列錯誤。
5-甲基胞嘧啶脫氨基產生T（引起C-G→T-A的變化），而C脫氨基產生U（它通常被移出或被C代替）。
④氧自由基傷害
細胞代謝副產物O2-、H2O2等會造成堿基損傷，產生胸腺嘧啶乙二醇、羥甲基尿嘧啶等堿基修飾物，引起堿基配對錯誤。
1.3 堿基插入或缺失
吖啶類分子帶正電呈扁平狀，易于嵌入DNA堿基平面間，導致在復制或重組過程中缺失或插入一個堿基。
DNA聚合酶在復制過程中發生滑動，尤其在連續幾個相同堿基的區段產生1個或幾個堿基的缺失或插入。聚合酶在模板鏈上滑動易于造成缺失，在生長鏈上滑動易于造成插入。
插入或缺失會導致讀碼框改變。
1.4 嘧啶二聚體
DNA受到紫外線照射時，使DNA鏈上相鄰的嘧啶以共價鍵連成二聚體。
相鄰2個T；或2個C；或C與T間都可形成環丁基二聚體；相鄰2個T間zui易形成TT二聚體。
1.5 DNA鏈斷裂
電離輻射可使DNA鏈斷裂；射線的直接和間接作用都可能使脫氧核糖破壞或磷酸二酯鍵斷開而致DNA鏈斷裂。
烷化劑也可使DNA鏈斷裂；DNA鏈的磷酸二酯鍵上的氧易被烷化，結果形成不穩定的磷酸三酯鍵，在糖與磷酸間發生水解，使DNA鏈斷裂。
對單倍體細胞一個雙鏈斷裂就是致死性事件。